Những hậu quả về mặt cơ thể có thể thấy được ngay ở trẻ em nhỏ như rách âm đạo-trực tràng gây chảy máu nặng nề, các tổn thương khác của bộ phận sinh dục, nhiễm các bệnh lây truyền qua đường tình dục. Với trẻ lớn hơn, nguy cơ có thai được phát hiện muộn không phải là hiếm gặp. Với những trường hợp này, sức khỏe và tương lai của bà mẹ lẫn trẻ em thường ở trong tình trạng rất mong manh, khó khăn.

Trẻ em bị lạm dụng tình dục có thể biểu hiện những rối loạn về hành vi cũng như tâm thần từ nhẹ đến nặng, ngắn hạn cũng như dài hạn. Tùy thuộc vào mức độ của lạm dụng tình dục mà trẻ có thể biểu hiện sợ hãi và lo lắng trước người khác giới hoặc trước những vấn đề liên quan đến tình dục và có thể biểu hiện những hành vi tình dục không đúng mực.

Những ảnh hưởng ban đầu hay ảnh hưởng ngắn hạn thường xuất hiện trong khoảng 2 năm đầu tiên. Những biểu hiện này tùy thuộc vào mức độ, hoàn cảnh cũng như tuổi của trẻ lúc bị lạm dụng tình dục. Tuy nhiên những biểu hiện thường gặp bao gồm những biểu hiện thơ ấu hóa (ví dụ trẻ có thể mút tay mặc dù đã lớn hoặc đái dầm), rối loạn giấc ngủ, chán ăn, xấu hổ, mặc cảm tội lỗi, rối loạn về ứng xử cũng như khả năng học tập ở trường, biểu hiện co mình lại không tham gia vào các hoạt động đoàn thể hay xã hội, tính cách dễ bùng nổ...

Những hậu quả xấu của lạm dụng tình dục có thể để kéo dài nhiều năm sau này cũng như đến tuổi trưởng thành. Những người này thường có biểu hiện trầm cảm. Nếu tình trạng lo lắng ở mức độ cao có thể dẫn đến những hành vi tự hủy hoại cơ thể như nghiện rượu, nghiện ma túy, có những cơn hốt hoảng, những rối loạn lo âu ở một tình huống đặc trưng nào đó, mất ngủ. Và rất nhiều người gặp rất nhiều khó khăn trong đời sống tình dục sau này.

Một số trẻ bị lạm dụng tình dục có thể có hiệu ứng người ngủ (sleeper effects), tức là ngay sau khi bị lạm dụng tình dục, trẻ không có biểu hiện rối loạn gì. Nhiều năm sau đó những biểu hiện này mới bộc phát trầm trọng.

Mặc dù chưa có sự giải thích rõ ràng nhưng những trẻ em bị lạm dụng tình dục sau này lại có nguy cơ cao bị hiếp dâm hoặc bị ngược đãi về mặt cơ thể.